Enzymologie : la cinétique enzymétique

Enzymologie : la cinétique enzymatique

ENZYME = 

• Protéine : ou ARN, majorité des enzymes, certaines sont d'autres molécules = acide nucléiques, protéine = assemblage / enchaînement d'acide aminé

Structure générale :

1 carbone relié a plusieurs groupements.

                                                                                              COOH → COO-

                                               Potentiellement ionisable = NH3+ → NH2[pic 1]

                                                 └> influencé par le pH ( potentiel hydrogène )

                                         pKa = 8 ( groupement protoné )

                                    pKa = 3 ( groupement sous forme déprotoné ) :

[pic 2]

Le pH régit tout sa.

[pic 3]

Exemple : avec pKa = 3 : placé à pH = 7

                  avec pKa = 8 : placé à pH = 7

Sous quel forme vont être les 2 formes ionisable ??

Groupement COOH ?? va être sous forme COO-

Groupement NH3+ ?? va être sous forme NH3+ ( pH < pKa )

→ Par liaison covalente relié le première acide aminé à un deuxième acide aminé :

liaison peptidique (= dans une protéine ) :

Liaison entre un groupe alcool (-OH) et un groupe acide carboxylique (-COOH), (= formée par élimination d'une molécule d'eau (H2O) ) = Liaison Ester.

Lliaison entre la fonction carboxyle ; portée par le carbone α d'un acide aminé, et la fonction amine ; portée par le carbone α de l'acide aminé suivant dans la chaîne peptidique = Liaison Amide.

Un amide possède un atome d'azote lié à son groupe carbonyle.

Structure générale amide :[pic 4]

[pic 5]

• Catalyseur : accélérateur de réaction ( vitesse ), naturellement possible mais beaucoup trop longue, catalyseur de réaction

• Hélice alpha et feuillet beta : structure secondaire, qui vont se conformer tridimensionnellement elle même en 3D

• Substrat / produit : l'enzyme catalyse la transformation du substrat en produit

• Métabolisme : ensemble de réaction chimique et biochimique qui se produise a l'intérieur d'une cellule.

Conformation tridimensionnelle d'une enzyme (= active ) :

[pic 6]

On peut jouer sur la température et le pH

chaîne latérale d'acide aminé = tous différentes : très hydrophobe, groupement COOH, ….

zone délimité = site actif = vient se positionner le substrat qui va être transformer a ce stade

nomenclature des enzymes = sert a les classer selon les critères : réactions dans lequel elle sont impliquée ( selon se qu'elle catalyse )

par exemple : pour l'hydrolyse = EC.3 (= nombre de réactions qu'elle catalyse )

video de 46s = enzyme : www.savevid.com

                ici réaction = synthèse d'un nouveau produit ( plutôt que la coupure de liaison covalente )

Enzymologie = sert a mieux comprendre la cellule, domaine très vaste :

domaine médicale, agroalimentaire, pollution des sols, bioénergie, …

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