Classification phylogénétique du vivant

Les classifications phylogénétiques :  
concepts et méthodes

André GILLES

Introduction

Classification en biologie = regroupement ordonné d’organismes selon leurs similarités et cohérent avec leur généalogie.

Taxinomie = étude théorique des bases, principes règles et lois de la classification (Augustin-Pyramus de Candolle 1778-1841)

Phylogénie (Ernst Haeckel) = étude des relations de parentés entre différents être vivants en vue de comprendre l’évolution des organismes vivants

Systématique : étude scientifique des différents organismes dans leur diversité et leurs relations

> Quelle différence entre Phylogénie / Généalogie

Classification du vivant 

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-> classification des espèces par différents systèmes :

- pratique (plantes médicinales, comestibles, dangereux...)

- alphabétique (peu utile mais a ouvert la voie à d’autres systèmes)

- niveaux hiérarchiques (Linné, fixisme)

- phylogénétique (Darwin, Henning, recherche de parenté suivent l’histoire évolutives des organismes sur Terre)

-> Pas d’accès au « registre civil » pour identifier les ancêtres individuellement. La phylogénie utilise des données actuelles sur les organismes vivants pour retracer l’histoire évolutive des organismes

= tous les êtres vivants sont apparentés : si on remonte assez loin dans le passé, on finit toujours par rencontrer un ancêtre de deux espèces actuelles

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GROUPE MONOPHYLETIQUE

dans la classification des êtres vivants, un groupe ou un taxon est dit monophylétique lorsqu’il regroupe une espèce et tous ses descendants. = CLADE

= groupe incluant un ancêtre et tous ses descendants

ex : les amniotes forment un groupe monophylétique puisque les sauropodes et les mammifères ont un ancêtre commun et représentent tous les descendants de ce dernier

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GROUPE PARAPHYLETIQUE

dans la classification des êtres vivants, un groupe ou taxon est dit paraphylétique lorsqu’il regroupe un ancêtre commun avec une partie de ses descendants.

= groupe n’incluant pas tous les descendants de son ancêtre

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ex : Tortues, lépidosauriens, crocodiles et oiseaux ont un ancêtre en commun mais les oiseux ne font pas parti des reptiles. = reptile est un groupe paraphylétique

GROUPE POLYPHYLETIQUE

Un groupe ou taxon est dit polyphylétique lorsqu’il regroupe des taxons en excluant leur ancêtre commun.

= groupe n’incluant pas son propre ancêtre

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ex : Mammifères et oiseaux forment un groupe polyphylétique. Les taxons ont un ancêtre commun mais il ne fait pas partie du groupe

1. Concepts et notions essentielles

Taxon : élément de taxonomie

Un taxon correspond à une entité d’êtres vivants regroupés parce qu’ils possèdent des caractères en communs du fait de leur parenté, et permet ainsi de classifier le vivant à travers la systématique

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Sur quelle base établir les relations de parenté ?

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• Intuitivement : les organismes apparentés se ressemblent
• Ressemblances fondamentales = homologues
• Plus rigoureusement : on codifie la ressemblance sous la forme de caractères 

Caractère : attribut observable d’un organisme sur lequel on peut poser une hypothèse d’homologie

Homologie : désigne un caractère propre à plusieurs espèces hérité d’un ancêtre commun. Les structures en question, qu’elles soient d’ordre atomique, moléculaire ou génétique, partagent dont une histoire évolutive. [pic 11]

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Etat du caractère : ce que l’on observe

(bleu/marron pour la couleur de l’œil, A/C/T/G pour nucléotide)

=> un état primitif (=ancestral) et un état dérivé (=avancé)

CARACTERE PRIMITIF ET DERIVE

• Le statut primitif ou dérivé est relatif au groupe d’organismes considéré
• Chaque organisme présente une mosaïque de caractères ancestraux et dérivés
• Seul un caractère peut être primitif/ancestral ou dérivé/avancé
• Parler d’espèce primitive (ou avancée) est :

- parfois une facilité de langage quand il est clair pour tout le monde qu’on ne considère qu’un caractère précis dans un groupe précis (déconseillé)

- souvent la preuve qu’on ne maitrise pas les notions de base de l’évolution

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Caractère dérivé partagé                                        Caractère ancestral

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