Développements De Logiciels, Intégration Et Test

5.1.1. Implémentation de la version 5.0 de Ptolemy

L’une des tâches fondamentales de mon projet était de veiller à la compatibilité du module panoramic avec ptolemy et vergil. Cette année la version 5.0 de ptolemy a été distribuée par l’Université de Berkeley. Les modifications concernent essentiellement l’intégration de nouveaux acteurs et de nouveaux directeurs d’ordonancement. Les acteurs utilisant le mode SDF restent totalement compatible avec la nouvelle version, ce qui a réduit la maintenance à une simple substitution des la version 4.0 par la version 5.0 de ptolemy.

5.1.1.1 Importation et installation des nouvelles versions de ptolemy/vergil

ptolemy 5.0 a été importé à partir du site de distribution, installé, compilé avec eclipse puis testé sur PC/Windows XP, sous Linux Debian et sous MacOSX.

5.1.1.2 Adaptation des protocoles d’installation des modules de panoramics

Le protocole d’installation des modules de panoramics reste inchangé comme il a été défini par Franck Valentin dans la version 1.0 de panoramics (15/04/2005) distribué sur le site www.pasteur.fr/panoramics

5.1.1.3 Test de la compatibilité des pipelines de la librairie dans le nouveau contexte

sous Windows et Linux

Les pipelines donnés en exemple dans le paragraphe 4.3, opérationnels avec la version ptolemy 4 ont été testés avec la version 5.0. Les résultats sont identiques. Les performances générales ne semblent pas être affectées.

5.1.2. Distribution de panoramics sur www.pasteur.fr/panoramics

Les protocoles d’installation d’eclipse, de ptolemy/vergil et de panoramics sont décrits sur le site www.pasteur.fr/panoramics. Les liens d’importation d’eclipse et de ptolemy/Vergil y sont indiqués. Les modules de panoramics peuvent être importé directement sur www.pasteur.fr/panoramics.

5.1.3. Développement de pipelines de génération de structures (assemblage d’acteurs)

5.1.3.1 Pipeline de constructions d’alignements multiples

La plus grande difficulté pour reconstruire des modèles par comparaison est de correctement choisir les structures cibles et d’aligner les séquences requêtes et celles des cibles correspondantes.

Nous avons choisis d’aligner dans une première phase toutes les séquences qui présentent des similarité avec la séquence requête, que leur structure soit connue ou pas.

Le pipeline fig.5 reflète le choix d’une séquence contenu dans un fichier de type texte au format dit « fasta » mise en paramètre d’entrée, le programme blastall du package blast (NCBI, NIH, Bethesda) produit une liste de noms de séquences similaires, blast2list (T.Rose, IGC, Pasteur, Paris) trie et formate cette liste en fonction d’un seuil choisi pour la signification statistique de la similarité requête/cible, fastacmd (NCBI, NIH, Bethesda) importe toutes les séquences correspondantes et clustalw (D.J.Higgins, EMBL, Heidelberg) les aligne et produit un fichier au format « clustal » qui peut être lu par un éditeur de texte.

Le choix de la base de séquences est entré en paramètre. NRdb

...