Définitions à connaître en phylogénie

Introduction : Les définitions à connaître.

. Classification : regroupement ordonné d’organismes selon leurs similarités et cohérent avec leur généalogie.

. Taxonomie : étude théorique des bases, principes, règles et lois de la classification.

. Systématique : étude scientifique des différents organismes dans leu diversité et leurs relations.

. Phylogénie : histoire du développement paléontologique des espèces (« qui est plus proche parent de qui ? » ≠ généalogie : « qui descend de qui ? »).

. Ontogénie : Histoire du dvt embryonnaire de l’individu au sein de l’espèce.

. Caractère : Attribut observable d’un organisme (morphologique, moléculaire, physiologique, comportemental …
- différentes modalités possibles mais ne peut être que sous 2 états distincts à un moment t donné : ancestral/primitif (plésiomorphe) ou état dérivé (nouveau, évolué : apomorphe).

. Hétérobathmie : existence instant t de caractères dérivés et primitifs (dans un individu si on considère différents caractères au sens de Henning).

. Homologie : Tout caractère ou état de caractères hérité d’un ancêtre commun (partie de la ressemblance héritée de cet ancêtre).
- Homologie Ire : Fait référence à une observation morpho-anatomique, embryonnaire ou paléontologique ;
- Homologie IIre ou de filiation : on valide l’hypothèse précédente en étudiant la phylogénie : Synapomorphie (ancêtre et ses descendants ont tous la même nouveauté évolutive)

. Homoplasie : Partie de la ressemblance n’étant pas héritée d’un ancêtre commun :
- par réversion : changement d’un état de caractère de apomorphe à plésiomorphe. ;
- par convergence : apparition indépendante dans deux lignées ou plus d’un état de caractère en une même apomorphie ou plésiomorphie).

. Méthode phénétique : Fait appel à des modèles d’évolution : comment se modifie séquence d’ADN ou un caractère morphologique au cours du temps ?
- Ex : UPGMA : algorithme d’agglomération utilisé sur une distance calculée à partir du nombre brut de différences.
    🡪 Estimer le nombre de différences entre les taxa pris deux à deux (pairwise) ;
    🡪 Construire représentation arborée : dendogramme qui sera phénogramme.

• Une espèce qui a plus de nouveautés évolutives que les autres va se positionner comme un groupe extérieur en phénétique car sa distance évolutive sera plus grande. Donc si les modifications morpho-anatomiques ne sont pas proportionnelles au temps dans les différentes lignées alors on viole l’hypothèse postulée par UPGMA et l’interprétation phylogénétique sera biaisée.
• L’inverse se vérifie aussi : manque d’apomorphie pour certains taxa => branches nulles en cladistique (apparence de fossiles vivants) mais les relations de parenté sont retrouvées grâce à des synapomorphies. Le manque d’autoapomorphie et le faible nombre de synapomorphie par branches => en phénétique une petite distance entre ces taxa.

. Méthode cladistique : On émet l’hypothèse d’homologie Ire à partir d’observations de connaissance « à priori » et l’analyse phylogénétique nous permet de déduire les liens de parenté entre les espèces considérées.
- Rechercher l’arbre le plus parcimonieux : nécessitant le moins de pas évolutifs.

. Caractère informatif : caractère présentant au moins deux modalités et chacun d’elles étant partagée par au moins 2 taxa.

. Groupe externe : Taxa n’ayant gardé que des plésiomorphies.

. Groupe monophylétique : Groupe comprenant une espèce ancestrale exclusive et tous ses descendants (=holophylétique) :
- Si on ne travaille que sur une partie des descendants (homophylétique dans systématique évolutive) et pour le définir il nous suffit d’une synapomorphie.

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