Compte rendu de TP de Bio-Informatique.
TD : Compte rendu de TP de Bio-Informatique.. Recherche parmi 300 000+ dissertationsPar dlaw • 19 Novembre 2016 • TD • 2 082 Mots (9 Pages) • 3 559 Vues
COMPTE RENDU DE TP DE BIO-INFORMATIQUE
OBJECTIF DU TP
Ces deux séances de TP ont pour objectif d'étudier les caractéristiques d'une séquence d'ADN génomique humain et d'identifier sa nature. Pour ce faire, nous utiliserons tout au long de ces séances différents logiciels ainsi que des banques de données pour tirer de notre séquence un maximum d'informations.
- RECHERCHE DE RÉGIONS FONCTIONNELLES DANS LA SÉQUENCE NUCLÉIQUE
- ANALYSE DE LA SÉQUENCE NUCLÉIQUE
- Logiciel Promoter scan
La séquence d'ADN génomique étudiée est de 4044 pb.
Ce logiciel nous a prédit 3 régions promotrices possibles.
La plus probable des régions promotrice proposée par Promoter scan est la première car:
→ le score calculé est de 81.22 (contre 55.07 pour la 2ème et 66,53 pour la 3ème),
→ on a une reconnaissance de la boite TATA en position 2155 pb,
→ une reconnaissance du TSS en position 2185 pb (transcription Start Site = site d'initiation de la transcription),
→ et une reconnaissance de 16 sites de fixation pour 16 protéines de la région promotrice, tous en amont de la boite TATA et du TSS.
Ainsi nous avons repéré la région promotrice de notre séquence inconnue grâce à ce logiciel.
- Logiciel Genscan
Tableau obtenu après analyse de notre séquence par Genscan:
Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..
1.01 Init + 2424 2610 187 2 1 85 84 314 0.991 28.07
1.02 Term + 3397 3542 146 2 2 48 42 185 0.984 8.92
1.03 PlyA + 3596 3601 6 1.05
D'après ces prédictions, notre séquence contient deux exons ainsi qu'un signal de polyadénylation, la probabilité obtenue est de p=0,0991 pour l'exon 1 et p=0,984 pour l'exon 2. Nos probabilités obtenues étant très proche de 1 on peut donc fortement supposé que les 2 exons prédits par le logiciel sont exacts.
Selon la documentation du logiciel,
La sensibilité de GENSCAN est Sn = 0.78
La spécificité de GENSCAN est Sp = 0.81
Selon moi, il est plus important d'avoir une bonne spécificité car elle permet de connaître réellement le nombre d'exons trouvés. Même si la sensibilité est de 100%, c'est la spécificité qui va réellement déterminé le nombre d'exons présents dans la séquence de nucléotides.
- Séquence de la protéine prédites (110 acides aminés) :
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
B. ANALYSE DE LA SÉQUENCE PROTÉIQUE
- Logiciel SignalIP
Selon les prédiction du graphique SignalIP NN, on observe deux zones de clivage, pour identifier laquelle de ces zones est la plus probable, on compare les score C estimés par le logiciel :
- entre les acides aminés 24 et 25 : score C = environ 0.9
- entre les acides aminés 38 et 39 : score C = environ 0.3
Donc on suppose fortement que le site de clivage se situe entre les acides aminés 24 et 25.
Le second graphique SignalIP HMM confirme nos prédictions, le site de clivage serait donc entre les positions 24 et 25 (la probabilité de clivage est égale à 1)
La position du peptide signal prédit serait donc entre le 1er et le 25ème acides aminés.
C. BILAN DE LA PREMIÈRE SÉANCE
ADN GÉNOMIQUE (4044 pb)
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ARN MESSAGER TRANSCRIT NON MATURE
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ARN MESSAGER TRANSCRIT MATURE
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PROTÉINE (110 Acides Aminés)
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