TP BSF : séparation d'ADN par électrophorèse analytique et préparative

Compte rendu de TP :

Séparation d’ADN par électrophorèse analytique et préparative

II) Extraction du gène WZC et calcul du rendement

1. Définition du rendement

Au cours d’une réaction chimique, le rendement est le pourcentage des molécules d’une espèce chimique soumises à une transformation qui a conduit à un produit donné. Une réaction n’étant généralement pas totale, son rendement théorique (qui dépend de plusieurs caractéristiques telles que la température et la concentration des réactifs), est inférieur à l’unité. Le rendement pratique est inférieur au rendement théorique, il dépend en outre du temps pendant lequel les réactifs sont laissés en contact, mais également des conditions et des techniques expérimentales.

Dans notre cas, le rendement exprimera la qualité de notre extraction.

[pic 1]

1. Calcul du rendement

Nous avons besoin pour le calculer des quantités initiales et finales du gène WZC.

        Sur la première électrophorèse, nous avons deux bandes en piste 7 et en piste 8.

La première bande (la plus haute, correspondant à une masse moléculaire plus importante) correspond à l’ADN plasmidique PU18. La deuxième bande (la plus basse) correspond au fragment du gène WZC.

Nous avons déposé 1µg de marqueur pour réaliser l’électrophorèse. D’après l’annexe 1, l’ensemble du des 13 fragments du marqueur représentent 48 502 paires de bases (pdb). 

        Nous devons maintenant estimer et déterminer la longueur des fragments d’intérêt. Comme le BET (qui est un agent intercalent) se met entre les bases, son intensité sous l’UV sera proportionnelle à la quantité d’ADN.

Nous allons donc faire une estimation de la longueur des fragments en comparant les intensités des deux bandes de la piste 7 avec une des pistes du marqueur.  

Pour la bande du gène WZC de la piste 7, nous pouvons estimer que son intensité est 1,5 fois plus faible que celle du dernier marqueur de la piste 1 correspondant à un fragment de 564 paires de bases. Nous avons donc un fragment que l’on estime à . [pic 2]

Donc par un produit en croix :

1µg --> 48 502 pdb[pic 3]

x --> 376 pdb                               [pic 4]

Néanmoins, cette masse correspond à la piste 7 qui contient  d’ADN. Pour savoir quelle masse nous avons obtenue en réalité sur la piste 8, on multiplie par 9 car nous avons travaillé sur . Ainsi, nous avons extrait 7,75 9 = 69, 75 ng de gène WZC. [pic 5][pic 6][pic 7]

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