Virologie cours

Le 26/11/2021
CM XXX

Virologie

Partie I.         Réponses aux infections virales

1. Voies d’entrée des virus

Les voies d’entrée sont très différentes d’un virus à l’autre. La voie d’entrée influence la propagation du virus dans l’organisme, et les symptômes qui s’ensuivent. 
Certains virus (grippe, rhinovirus, sars-cov2) sont capables de pénétrer par les voies respiratoires, notamment par la respiration de gouttelettes d’aérosols qui contiennent des particules virales.
D’autres sont capables de se transmettre au niveau oculaire, comme c’est le cas du virus à l’origine de la conjonctivite. On passe beaucoup de temps à se toucher le visage, et de fait on se contamine souvent de cette façon.
Certains virus contaminent par la voie du système digestif, que ce soit par le biais de l’alimentation ou en se touchant le visage encore une fois (gastroentérite, rotavirus).
D’autres virus se transmettent par voie sexuelle (HIV).
D’autres virus encore peuvent se transmettent par la voie cutanée : par la morsure (virus de la rage), par les piqures d’arthropodes hématophages (moustiques, tiques) et on parle alors d’arbovirus, par injections et notamment chez les toxicomanes pour qui le taux de prévalence du HIV ou de l’hépatite B est particulièrement élevé, ou enfin par contact (VZV).

Une fois rentrés dans l’organisme, les virus doivent se multiplier. La multiplication ne se fait pas nécessairement à l’endroit de l’infection. Par exemple, les arbovirus utilisent le système nerveux central comme site de multiplication. Les arbovirus sont des virus dits neurotropes ; virus capables de franchir la barrière hémato-encéphalique. Les virus oculaires se multiplient généralement dans les yeux, mais on peut aussi retrouver des neurotropes ayant cheminés sur le nerf optique au niveau des yeux. Les virus provoquant des éructions cutanées caractéristiques se multiplient sur la peau : herpès, rougeole, rubéole, verrues (papillomavirus).
Les virus qui se multiplient dans le système digestif on généralement un mode de transmission féco-oral. Certains virus se multiplient au niveau urinaire.
D’autres virus se multiplient au niveau des lignées sanguines. Beaucoup de virus se multiplient aussi au niveau du foie, le foie étant le centre de détoxication sanguine et donc une voie de passage obligatoire de la circulation du sang.
Certains virus sont capables de franchir la barrière placentaire et se multiplient ainsi dans l’embryon. Enfin, certains virus se multiplient dans les organes génitaux.

La voie d’entrée et le site de multiplication des virus influent sur la symptomatologie, le diagnostic et la stratégie thérapeutique. 
Une fois que le virus est dans l’organisme il peut évoluer de différentes façons. Il peut évoluer de manière fulminante, totalement hors du contrôle du système immunitaire. En général, les infections fulminantes sont très graves. Par exemple, une infection fulminante par le virus de l’hépatite B a un taux de mortalité de 80%.
Parfois, on a des infections abortives : le virus rentre dans l’organisme et est éliminé. Il ne peut pas se multiplier. Il peut toutefois s’intégrer au génome et provoquer des cancers.
Il existe aussi des infections aigues contrôlées, cas classique.

Enfin, il existe des infections persistantes. Celles-ci se manifestent de deux façons : infection chronique, ou infection latente.
Une infection chronique se manifeste par la présence régulière de virus dans l’organisme. C’est par exemple le cas de HIV. Les infections latentes se manifestent par des pics, puis des périodes de latence où les virus ne sont plus en phase de réplication. Dans ce cas, les virus se mettent souvent sous forme épisomale avec circularisation du génome. Une réactivation du virus est possible dans des conditions qui lui sont favorables, de façon opportuniste. Alors, le virus réenclenche sa machinerie de production de particules virales.

Lorsque le virus rentre dans l’organisme, il y a la stimulation des systèmes de défense naturelle, puis la réponse adaptative jusqu’à ce que le virus soit éliminé. La mémoire induite par la réponse adaptative peut être plus ou moins longue suivant les virus.
Lorsque le virus pénètre l’organisme il peut faire des infections productives aigues, en une seule fois. Celles-ci peuvent être de deux types. Certaines sont localisées, tandis que d’autres sont systémiques. Les infections localisées ont généralement emprunté la peau ou les muqueuses comme porte d’entrée. C’est le cas de la grippe, des infections à rhinovirus, rotavirus ou adénovirus.
Les infections généralisées présentent une virémie (virus dans le sang) constante, l’incubation est plus longue et les virus entrent par la peau, les muqueuses ou par effraction de la barrière cutanéo-muqueuse. C’est le cas par exemple de la poliomyélite, de la varicelle, de la mononucléose infectieuse…  
Souvent, les virus sont capables d’infecter les cellules immunitaires et les utilisent alors comme moyen de transport. C’est l’idéal pour le virus, car il peut s’y réfugier et sa propagation est facilitée grâce au caractère mobile des cellules de l’immunité.

Parenthèse : En Afrique du Sud, l’émergence de variants de la Covid-19 est classée à risques.  
En effet, l’Afrique du Sud est un des pays d’Afrique où le taux de VIH est le plus élevé. Les personnes infectées par le virus du VIH sont immunodéprimées. Ces personnes restent donc infectées par le virus pendant plusieurs semaines, voire plusieurs mois, ce qui laisse le temps au virus de s’adapter et, par extension, de muter.

Certains virus, notamment en cas d’infections abortives, sont capables de provoquer des cancers. On estime qu’un cancer sur quatre est dû à des virus, tels que les papillomavirus ou les virus hépatiques.

...