Outil RMN
Recherche de Documents : Outil RMN. Recherche parmi 300 000+ dissertationsPar dissertation • 3 Janvier 2013 • 789 Mots (4 Pages) • 962 Vues
Chapitre 3, Partie IV :
Pour résumer :
- Structure primaire : séquence d’acides aminés.
- Structure secondaire : repliement du squelette par interactions entre C=O et N-H.
- Structure tertiaire : organisation spatiale des atomes d’une chaîne polypeptidique.
- Structure quaternaire : conformation adoptée par les protéines multimériques.
Ces quatre niveaux sont donc hiérarchisées ce qui ne signifie pas que le processus de repliement à la sortie du ribosome le soit…
La RMN permet d’avoir très facilement la structure tertiaire mais difficilement la quaternaire à cause de la taille. Ce sont des limites inhérentes à la technique car de 5 à 20 kDa c’est de la routine ou en tout cas des expériences standards. Entre 20 et 30 kDa, ce sont des projets à plus long terme et au-delà de 40 kDa, ce sont des structures bientôt accessibles…
En effet, une petite molécule va se relaxer lentement et va donc perdre tout doucement son aimantation ce qui forme un signal net et donc une raie fine. Pour les molécules plus grosses, la relaxation est rapide à cause des interactions avec l’environnement ce qui donne une raie moins nette. On peut tout de même deutériser les grosse molécules ce qui ralenti la relaxation.
C’est donc un compromis à trouver :
o Pour les masses moléculaires < 5 kDa on peut faire de l’attribution homonucléaire (COSY, TOCSY, NOESY).
o Quand la masse moléculaire est comprise entre 5 et 10 kDa, on peut faire une attribution hétéronucléaire avec un simple marquage 15N (par HSQC-TOCSY, HSQC-NOESY).
o Quand la masse moléculaire est comprise entre 10 et 20 kDa, on peut faire une attribution hétéronucléaire triple résonnance avec un double marquage 15N, 13C (HNCA, HNCO).
o Quand la masse moléculaire est supérieure à 20 kDa, on peut faire une attribution hétéronucléaire triple résonnance avec un triple marquage 15N, 13C, 2H (HNCA, HNCO…). Le marquage peut être sélectif de résidus.
Il faut également bien choisir le spectromètre entre 500 et 800 MHz en fonction de la taille de la molécule (nombre de résidus, masse moléculaire) et de l’enrichissement isotopique (1H, 15N, 15N/13C, 15N/13C/2H).
Echéancier :
- Acquisition des données : 1 à 3 semaines en fonction de la disponibilité du spectro et de la longueur des expériences.
- Attribution du squelette : 1 à 4 semaines.
- Attribution des chaines latérales : 1 à 4 mois
- Création de la liste des contraintes (Noé) et de structures calculation : 1 à 3 mois.
Synopsis de la procédure de résolution structurale par RMN :
En
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