Technique RAPD

La RAPD consiste en l’amplification par PCR de fragments de l’ADN génomique en utilisant des amorces arbitraires de taille courte (10 pb). Une amorce RAPD permet généralement l’amplification d’une dizaine de fragments correspondant à des locus dominants. Et/ou si l'hybridation se fait en conditions peu stringeantes, l'amorce va s'hybrider chaque fois que se trouvera dans l'ADN une séquence qui lui est complémentaire. Si 2sites d'hybridation sont proches l'un de l'autre et en opposition, l'amplification aura lieu .Si un de ces 2sites est absent dans un autre individu, il n'y aura pas d'amplification et un polymorphisme de présence /absence de bandes sera observé (Arnaud, 2006).

Les produits d’amplification sont généralement visualisés par électrophorèse sur gel d’agarose. Le polymorphisme décelé est dû à des mutations soit dans les régions amplifiées soit au niveau des sites de fixation des amorces. Le polymorphisme révélé est un polymorphisme de sites d’hybridation d’amorce. Les amorces constituent donc les marqueurs.Les applications de la technique RAPD en amélioration des plantes sont diverses. Elle est utilisée dans la gestion des ressources phytogénétique pour étudier les relations phylétiques et la diversité génétique intra-ou interspécifique, par exemple entre ou au sein de population. Elle peut notamment servir à identifier des marqueurs génétiques, à déterminer l'hybridité ou la pureté d'un matériel végétal et à construire des cartes génétiques.

Une des applications intéressantes de cette technique est de permettre le suivi des marqueurs spécifiques aux espèces parentales dans la descendance d'hybrides complexes.

La technique RAPD est appliquée pour l'étude des relations entre tous les génotypes (Baudoin, 2006).

Avantages et inconvénients:

Cette technique est simple, rapide, peu coûteuses et ne nécessite ni un marquage radioactif ni une connaissance préalable de la séquence nucléotidique. Néanmoins, la RAPD manque de reproductibilité puisqu’elle est très sensible à la concentration de l’ADN et aux conditions d’amplification. (Williams et al, 1990).

Bien que la RAPD très utilisée ces derniers années dans les programmes de sélection, les testes PAPD ont souvent posé des problèmes:

• Manque d’information a priori sur l’identité des produits d’amplification.

• Problèmes de reproductibilité.

• Problèmes de co-migration.

• Non répétables, bandes de faible intensité

• (Pas de comparaison de profils entre 2 manips)

Cependant, il a été démontré que ces problèmes peuvent être éliminés en optimisant les conditions expérimentales et en suivant un protocole précis pour un matériel végétal donné (UFC, 2012).

Conclusion:

La RAPD devenue un outil très utile d'assistance en amélioration des plantes, grâce à sa rapidité et simplicité par

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