Fiche de Biologie Moléculaire (rappels)

Fiche de biologie moléculaire

• 3 propriétés de la reverse Transcriptase : permet de convertir l’ARN en ADNc, RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction), Ce type d'enzyme est utilisé par les rétrovirus contenant de l'ARN pour Intégration de l’ADN viral dans le génome cellulaire.

• A quoi sert le rapport DO 260/DO280 ? Vers quel rapport doit-il tendre? Rechercher une éventuelle contamination protéique Un ADN pur doit avoir un rapport DO 260 / DO 280 compris entre. 1,8 et 2.

• PCR : Il faut Matrice ADN, TAQ polymérase, 4 dNTP, un couple d'amorces

• Électrophorèse sur gel : utilisée pour séparer les macromolécules biologiques (exemple l'ADN) en fonction de leur taille et de leur charge électrique. Le gel est constitué d'une matrice de polymère baignant dans un tampon conducteur. L'ADN est une molécule chargée négativement, si on la met à un endroit sur le gel et qu'on fait passer un courant dans le gel, elle migre de la borne moins vers la borne plus. Au cours de cette migration, les brins d'ADN de petite taille migrent plus vite que les brins plus gros ; le gel agit comme un tamis pour séparer les brins d'ADN en fonction de leur taille. Ainsi, au bout d'un certain temps de migration, les petites molécules d'ADN ont parcouru une plus grande distance que les molécules d'ADN plus grandes, qui se trouvent plus près de la position d'origine.

• Taq polymerase : variété d'ADN polymérase thermostable (propriété de résister à de très hautes températures) et dépourvue d'activité exonucleasique, ce qui rend donc impossible la correction d'erreur lors de la copie de l’ADN.

• Quel gel doit-on utiliser pour faire migrer l'ARN? Gel d’agarose.

• Le matériel génétique est identique dans toutes les cellules d'un organisme.

• Les fragments d'Okazaki sont des fragments d'ADN de longueur uniforme (~1000 nucléotides) que l'on retrouve sur le brin tardif.

• La molécule d'ADN est toujours sous forme d'hélice double brin, L'ADN se réplique en phase S, L'organisation de la chromatine varie selon les phases.

• Les structures que l'on trouve aux extrémités des chromosomes sont les télomères.

• Marquage en 5' d'une molécule d'ARN : transcription in vitro en présence d'[ATP] γ³²P ou β³²P. Il ne s'agit pas ici d'un "transfert de phosphate", comme c'est le cas lors du marquage en 5' d'un fragment d'ADN, mais d'une "incorporation" du nucléotide ATP dans la molécule d'ARN en cours de synthèse. Les ARN possèdent généralement une purine au début de leur séquence (80% possèdent un A, les autres possèdent un G). Un GTP peut ainsi parfois être également utilisé pour ce type de marquage. Ces nucléotides peuvent porter soit un phosphate marqué en position γ, soit en position β, pour ne marquer ainsi que l'extrémité 5' de l'ARN.

• La molécule d'ADN est une double hélice de forme B. Les trois structures classiques des doubles brins d'ADN sont : la forme A : rarement observée avec l'ADN, seulement en présence de très faible quantité de taux d'hydratation (par contre existe souvent dans l'ARN). La formes B : la plus commune. Elle a une hélice droite, des plateaux de base perpendiculaires à l'axe de l'hélice passant au centre de l'appariement de ces dernières. Elle possède 10 nucléotides par tour. La forme Z (ou zig-zag) : observée quelquefois.

• Il y a entre 50 et 100 ARNt différents dans les cellules animales ou végétales.

• Au niveau d'une fourche de réplication procaryote on retrouve l’ADN polymérase I, l’ADN polymérase III, l’Hélicase, la Topoïsomérase.

• La RNAse H digère de l'ARN dans un hybride ADN/ARN.

• La vitesse de déplacement d'une fourche de réplication chez les eucaryotes est de 50 nt/sec.

• Un vecteur de clonage possède une origine de réplication procaryote, des gènes de sélection (résistance à un antibiotique), des sites de restriction uniques, supporte l’insertion d’un fragment d’ADN plus ou moins grand.

• Le terme 5'UTR signifie, en français région 5' non traduite.

• Le cadre de lecture ouvert (ORF) est défini comme la "séquence allant du codon d’initiation de la traduction (AUG) au codon stop".

• Synthèse des ribosondes : Par transcription in vitro, Avec ARN polymérases phagiques T7, T3 ou Sp6, En présence de NTP radioactifs .

• Dénaturation de l’ADN : élévation de la temperature.

• Dans le ribose, le Carbone 2' porte un groupement OH.

• Fragment de Klenow : la grande sous-unité de l'ADN polymérase I

• Dans la série des vecteurs pKS, le fait d'avoir le site multiple de clonage à l'intérieur du gène LacZ permet une sélection directe des bactéries transformées par un vecteur recombinant (test de "l'α-complémentation"). Cette sélection se fera en présence d'IPTG (inducteur) et d'X-Gal (substrat de la B-galactosidase). Les colonies bactériennes blanches sont celles qui possèdent un vecteur recombinant.

• Le ddATP est un nucléotide modifié qui peut-être utilisé dans les techniques suivantes : séquençage selon Sanger, marquage en 3' de l'ADN avec la Terminal Transférase.

• La densité optique d'une molécule d'ADN augmente avec la température : on parle d'effet hyperchrome.

• Dans la molécule d'ARN, l'uracile remplace la thymine (présente dans l'ADN).

• Lors de la réalisation d’un Southern, l’hybridation est réalisée sur de l’ADN dénaturé.

• Certaines enzymes de restriction génèrent des « extrémités cohésives » qui sont des extrémités simple brin complémentaire.

• Pour marquer de l'ADN par la technique de "random priming", il faut :  [dNTP] α³²P, Fragment de Klenow, random hexamères.

• Pour des oligonucléotides dont la taille est inférieure à 20 bases, le Tm = 2 x (A+T) + 4 x (G+C)

• Les ADN polymérases répliquent l'ADN de manière relativement fidèle grâce à leur activité exonucléase 3' vers 5'.

• Lorsque l'on fait référence à un gène, le brin "sens" définit : Le brin codant.

• Le codon UGA est un codon stop.

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